De oprichting van Vopak vond plaats in 1999. In dat jaar fuseerden de bedrijven Koninklijke Pakhoed N.V. en Koninklijke Van Ommeren. Op deze wijze dachten de bedrijven een sterkere concurrentiepositie te verkrijgen. Na deze fusie bezat Vopak een tak voor vervoer van zware ladingen, de opslag van brandstoffen en de distributie van chemische producten In de jaren hierna stootte Vopak het bedrijfsonderdeel Univar af. Hierdoor begon een slag naar een sterke focus op het houden van tankterminals. Deze ontwikkeling zette zich door in 2014 toen Vopak een strategische heroriëntatie doorvoerde waarmee de eisen voor het kopen en behouden van tankterminals hoger werden. In de jaren die hierop volgde groeide Vopak gestaag door.
Beleggers zien Vopak als een uniek bedrijf doordat het een enorme hoeveelheid aan (opslag)vastgoedbezit. Hierdoor heeft Vopak lage kosten. Tegelijkertijd fungeert het bedrijf voor sommige beleggers als een recessie-hedge doordat de opslagen van er naar neigen voller te worden in tijden van economische neergang.
Het aandeel Vopak staat beursgenoteerd aan Euronext Amsterdam en beschikt over een weging in de AMX.